Всё время вылетает из головы написание команды, поэтому записываю как для себя так и для интересующихся. Как просто в bash грохнуть все файлы, названия которых сохранены в некотором somefile:

for name in `cat <somefile>` ; do rm $name ; done;

Подсказка из комментов: есть более простой вариант: xargs rm < somefile